подключаетесь по com-соединению
Выгружаете список элементов справочника с гуидами из одной базы и из другой в Excell и там с помощью встроенных функций легко обозначаются совпадения.

P.S. Если человек не очень дружен с кодингом, предлагать ему делать сравнение через СОМ - чистый садизм :blush: