Работа ведётся с терминального сервера через публикацию приложения.
Значит и нужно пачить клиента на терминальнике (или на терминальник ставить клиента репак)

сейчас стоит вопрос целесообразности оставаться на х64
А чем парит "оставаться на x64"? Если нет заморочек в части кластеризации (тут целый ряд аспектов и в части балансировки нагрузки и непрерывности бизнеса если екнится железяка с 1С предприятием) - то и оставайтесь на x64. Если же все же кластеризация необходима, то тогда да, либо докупайте вторую лицензию x64 или переходите на x32

Базы в sql, пользователей не много (до 50 активных).
Ну для клиент-сервера это ясный куй, что "базы на сиквеле" - иначе и быть не может. Тут вопрос насколько много при этом различных 1С конфигураций (ну там УПП, БП, ЗУП, и т.д.). И опять же - если все работает "вполне терпимо" для юзерей - чего парится. Если есть нарекания по быстродействию, то тут уже сложнее, нужно разбираться где "узкое горлышко" (или сиквел, или терминальник, или дисковая подсистема или сетка или ещё что). Т.е. ни факт, что даунгрэйд с x64 на х32 это сразу резко все ухудшит и наоборот - ап с х32 на х64 сделает всех счастливыми.