как перенести документы (накладные, счета-фактуры, выписки) из одной базы в другую, не пустую базу
Если конфы однотипные, то простым переносом "через xml", если различаются, то штатный инструмент для подобного - типовая конфигурация "Конвертация данных 2.0"
Что в первом, что во втором случае, при переносе можно задавать критерии переноса (например какие документы, за какой период, по каким контрагентам и т.д.)