но проблема устраняется когда я делаю именно перезапуск сервера 1с, а сервер бд вообще по ресурсам не напрягается
Это ни о чем не говорит.

Если например проблема с tempdb, то при перезапуске ты чистишь его (сервер 1С отваливается от сиквела и все "занятое" идёт в треш). Поэтому однозначно рыть в сторону СУБД, я бы начал бы с tempdb, хотя может и проблемы с лог или дата файлами.