Но при запуске Бухгалтерии выскакивает окно, требующее ввести лицензию.
Проверьте, что программа запускается с аппаратным, а не программным ключом.
При запуске 1С выбрать кнопку "Настройка", в самом низу включить "Использовать аппаратную лицензию (ключ зхащиты)"