У меня ошибка выходит при обновление с 3.0.40.42 на 3.0.41.48
Похоже косяк с конфигурацией.
Как вариант:
1. Сделать выгрузку dt.
2. Развернуть новую файловую базу и загрузить в неё dt-шник
3. Прогнать тестирование и исправление со всеми флажками
4. Загрузить "из файла" стандартный (не модифицированный cf-ник) от БП 3.0.40.42
5. апнуть БП сразу на 3.0.41.59

Удачи