что бы остались все объекты созданные в основной конфигурации
При операции "Сравнить и объединить" есть возможность задания приоритета - "приоритет у основной конфигурации" или "приоритет из файла"

ПыСы. Если апаетесь, то приоритет обязательно должен быть "Из файла"