Подскажите как удалить данные из баз, на пример организацию и все документы что в ней
Попытайтесь не удалять данные, а перенести в новую чистую базу данные по нужным организациям.
"Администрирование" -"Синхронизация"- "По организации"
Пример настройки синхронизации см.:
https://1cfresh.com/articles/exchange-settings