заполняется ли книга покупок как отчет?
Да, заполняется как отчёт.

требуется перепроведение документов поступления.
делаем после каждого обновления

Спасибо за помощь!

Выгрузили базу в чистую конфигурацию и всё заработало)
Скорее всего косяки после обновлений (обновляем слиянием .cf)