Пробовала под 8.3.6.2041, 8.3.6.2332, 8.3.6.2363 - результат одинаковый.
Сначала идет "обновление конфигурации поставщика", затем появляется типичная таблица сравнения и объединения.

11.jpg

Если галочка "разрешать удалять объекты" стоит, то до окончания процесс не доходит.

12.jpg

Если не стоит, то обновление проходит, конфигурация сохраняется, но при обновлении базы данных вылезает мешок ошибок .

14.jpg