Сделал автозакрывалку этого окна на python, другого решения не нашел:

from tendo import singleton
import win32gui
import win32con
import time

try:
me = singleton.SingleInstance()
except:
sys.exit()

while 1:
handle = win32gui.FindWindow(None, r'Проверка правомерности использования конфигурации')
if(handle):
win32gui.PostMessage(handle,win32con.WM_CLOSE,0,0)
time.sleep(1)