У заказчика не совсем правильная работа с комиссионером,
Как можно в типовой конфигурации отразить не совсем правильную работу?
Если не вносить изменения в конфигурацию, то через какую-нибудь внешнюю обработку, которая вместо одних проводок будет делать другие.
Либо перейти на правильную работу с комиссионером.