Вот ошибки, если кому не сложно, можно на пальцах объяснить что с эти делать.
Ну как вариант "допиливать напильником по месту" (с)


На удаляемый объект ОбщаяКоманда.Дополнительн? ?еОбработкиРегламентирова? ?ныйУчет есть ссылки в объектах основной конфигурации:
Подсистема.Регламентирова? ?ныйУчет.Состав
Тебе мешает ссылка на объект ОбщаяКоманда.Дополнительн? ?еОбработкиРегламентирова? ?ныйУчет и значит эту ссылку нужно очистить. Где?
Указано ниже - Подсистема.Регламентирова? ?ныйУчет.Состав
Т.е. открываешь подсистему Регламентированный учет и снимаешь галочку (убираешь из состава) у данной общей команде

Ну и так повторяешь пока "список не закончится"

Удачи