У меня была история - бух нажал кнопочку обновления базы в назойливой рекламе 1С при запуске, в итоге тоже ошибка целостности и бла-бла-бла. Архива нет - полный пиндец. Так же чекфайл ничего не дал, выгрузки-загрузки тоже.
Но Решил ! Запустил обновление, в качестве источника указал CF - конфу того релиза на который была попытка обновления! В итоге все встало по местам. Как результат - настроено автоархивирование и самостоятельно обновлять никто не лезет.
Про удаление неправильной записи - вариант 1.: Нарисуй обработку 1С , которая удалит указанную запись.
Вариант 2.: SQL студио, тразакт-SQL.