1) По рекомендациям, пробовал старый драйвер Атол 2010г, но в нем почему то не запоминались суффиксы/префиксы...
Решил конфликт, перевесив считыватель на другой драйвер 1С:Считыватели магнитных карт (NativeApi). И сканер и считыватель завелись нормально.

2) Включил старт/стоп бит + контрольную сумму, убрал дополнительный префикс и суффикс (т.к. в драйвере 1С используется только один символ, а это старт/стоп). Все считывается, при любой раскладке. Вероятно в драйвере используется контрольная сумма, поэтому и не распознавалась карта.

Всем спасибо, тему можно закрывать.