передаются при очередном обмене, при этом будет соответствующее сообщение о том что конфигурация изменена, надо зайти в конфигуратор и подтвердить, в дальнейшем обмены будут ходить нормально.
Хотя как вариант можно попробовать через конвертацию написать правила для регистра, но там тогда обмен будет в ручном режиме делать выгрузки/загрузки, и все равно останется вопрос с тем чтоб записи были уникальными....