следует навести порядок в справочнике Номенклатура
- порядок там изначально наведен

(исключить "двойников", разработать единообразие заполнения)
- двойников там и не было, единообразие присутствует

а также согласовать с заказчиками порядок формирования экселевских файлов
- не понял, можно по подробней?

И я не понял как же все таки будет происходить, если в excel файле будут товары, которые уже есть в Номенклатуре?