Не хватает тех счетов, на которых:
1. Есть сальдо, но которые не проходили по документам выгруженных "по периоду"
2. Нет сальдо (например оборотные), и которые не участвовали в движениях в выгруженных документах "по периоду".

ПыСы.. Нужно было перегрузить еще и сам "план счетов".

Кстати.. Сделанным вами алгоритмом не будет корректно учитываться например амортизация.