Не-е-е-е.. подождите... Еще раз - "Чудес на свете не бывает".
1. Вопрос УИДов счетов. Судя по Вашему ответу, они потому и различные, что Вы брали новую базу созданную "с нуля" (а следовательно план счетов со счетами создавался "самостоятельно" и УИДы поэтому и уникальны).
И тут есть два выхода. Либо принудительно (программно) синхронизировать УИДы счетов. Либо немного доработать обмен и в правилах обмена указать в правилах синхронизации, что нужно при сопоставлении не только смотреть на УИД, но еще и на "код"/"наименование".

Как это доработать - я не знаю как у вас построен обмен. у 1С есть разные механизмы. Это и механизмы КД 1.2 и механизмы КД 1.3, это и онлайн-обмен и оффлан-обмен.