Есть второй вариант выхода из ситуации, выгрузите весь электронный документооборот обработкой Выгрузка данных в файл XML! Создайте чистую базу в файле 1cv8.cf и установите в программу, потом загрузите весь документооборот той же самой обработкой! Таким образом Вы минуете данную ситуацию при некорректном Вашем обновлении!