Скорее всего идет запланированный перезапуск веб сервера(иис или апатча).Настройте его перезапуск на заведомо нерабочее время 1 раз в сутки, и несколько сеансов для пользователей, чтобы они все не лезли в один сеанс, мне это помогло (1С БП 8.3 Сервер 2003 ИИС)