У вас в запросе указано:
выбрать различные
Заказ.Контрагент КАК Контрагент,
Заказ.Склад как Склад

Значит будут выбираться не "уникальные контрагенты", а уникальное сочетание "Контрагент, Склад"

Затем.. у вас стоит объединить, но нет "различные" при выборке из документов "реализации" и "поступления"