Решение проблемы в конкретной ситуации нашли однако было бы интересно узнать мнение здешних разработчиков)


В общем, ситуация оказалась следующей. Открытие в отдельном приложении - в нашем случае скорее исключение чем правило поэтому было принято решение исследовать этот вопрос поглубже. Покопавшись в настройках IE (Настроить надстройки) пользователя и проблемном ПК нашли одно отличие - PDF reader DC на компьютере пользователя. Собственно теперь предпросмотр PDF вернулся на свои места)