Добрый вечер! Я решаю эту проблему следующим образом:
- После синхронизации открываю документ "Отражение зарплаты в бухгалтерском учете" ( у меня выгрузка - сводно по сотрудникам)- его можно исправить вручную. выбираю строку, где способ отражения "расходы за счет прибыли" и т.п. и копирую её. В исходной строке ставлю 0 во всех колонках взносов, во второй строке ставлю 0 в колонке "сумма" и меняю способ отражения на любой затратный. Если выгрузка у Вас с разбивкой по сотрудникам - та же операция с учетом ФИО.
Страховые взносы учитываются для целей налога на прибыль ВСЕГДА! независимо от того, принимается ли исходная сумма по НУ или нет. В ЗУП 2,5 эта операция была автоматизирована, т.к. там проводка делалась в ЗУП. в ЗУП 3,0 автоматизации нет- считаю это недоработкой 1С.