Вот и у меня в одной базе все нормально, а в другой - такая проблема.
Вообще иногда при обновлениях пропадают все пункты меню (выключается константа "Использовать Такси") , либо пропадает только раздел "Зарплата и кадры" (Выключается константа "Вести учет зарплаты кадров").
http://buh.ruboard.ru/public/328320/