Начал копать дальше.
Собрал машину для теста:
Intel core i5 4 ядра 3.1ГГц, 16 ОЗУ,
2 массива: RAID1 - 1Тб (жесткие диски SATA 6Gb) и RAID1 - 240Гб (SSD Intel 6Gb).
Windows 10 x64
MS SQL 2008 Express
Версия 1С 8.3.13.1690

Скорость чтения на рейде с ССД - почти 500/500.
Базы были размещены на этом же рейде.
Тесты Гилева показали какие-то непонятные цифры ввиде 60.000 кбайт/с для однопоточного режима и 300.000 кбайт/с для многопоточного.

Бухов подключили через тонкий клиент. Бухи почувствовали сразу прирост производительности (матюкаться перестали :))
При проведении накладных MSSQL читал, а потом записывал на скорости в 200мбайт/с инфу. Поэтому ощущались затыки.
Теперь наблюдается нехватка процессорной мощности и ядерности. Так как 4 ядра скул съедал в считанные минуты.

Поэтому следующим этапом для сервера будет покупка RAID контроллера 6Gb и замена процессора с Xeon L5520 2.26ГГц на X5680 или Х5690 c частотами 3,33ГГц и 3,46ГГц соответственно.