Ну нет. Вы меня опять видно не совсем правильно поняли.
Смотрите - есть уровень "1С конфигуратора". Там идут настройки на уровне "типов документов". - И тут по Вашим словам вроде все правильно.

Но есть уровень "1С предприятия" где можно посмотреть какие конкретно документы зарегистрированы в последовательности (и какая у них конкретно "граница последовательности")

Если по Вашим словам - при восстановлении последовательности себестоимость не правильно рассчиталась, а при ручном проведении - правильная, то это показатель, что конкретные документы не верно выстроены в последовательности. Т.е. например расходный документ почему-то стоит в последовательности раньше приходного.

Чтобы разобрать - нужно найти эти конкретные документы и затем уже разбираться почему они зарегистрированы в не верной последовательности.

Другого алгоритма решения подобных проблем - просто не существует.