Я вижу 3 пути:
1. Новая, чистая база. В нее переносятся необходимые данные. Если версии конфигурации будут равны, то есть обработки которые переносят справочники один-в-один. Остатки вводить вручную.
2. Вариант все списать под ноль / Свернуть базу... Если сейчас не понятно где какие остатки в организациях(возможно надо проверить все движения по товарам), то в этом варианте вообще будет мрак (кстати, как и в 1)
3. Позовите специалиста. Мне кажется это самый дельный вариант.