Полтора месяца назад решал подобую задачу

"Переход на учёт по характеристикам"

Замена должна происходить не только в документах но и справочниках, регистрах итд

Там в несколько этапов алгоритм
1) Поиск где присудствует твоя ссылка НайтиПоСсылкам(ИскомаяНом� �нклатура)
2) Анализируеш присудствует ли в метаданных найденных объектов реквизит с типом "Характеристика"
3) Заполняеш найденный реквизит объекта

НО !!!
Если номенклатуры достаточно много и документов несколько тысячь то в одном и томже обьекте будет содержатся несколько заменяемых ссылок, обрабатывать замены для каждой ссылки номенклатуры по одной будет очень долго (у меня первый вариан обработки предположительно должен был трое суток работать )
В таком случае таблицу найденных объектов сворачиваеш до объекта и обрабатываеш эти обьекты заполняя характеристику сразу для всей номенклатуры которая этого требует

Обработку нужно писать индивидуаль для конкреной конфигурации.

Есть на инфостаре
https://infostart.ru/public/556773/