Сделали обработку, которая очищает поле номенклатура в Регистре сведений Пул кодов маркировки суз, затем нужно очистить не нужную номенклатуру в справочнике Штрих коды товаров и упаковок делали это через групповую обработку.
Как я понял проблема возникает из за того что в документе Заказ на эмиссию кодов маркировки СУЗ по упрощенной схеме не стояла галочка в поле "Не сопоставлять номенклатуру "