UPD: Уточнил, что в релизе 2.3.6.27 маркировка одежды тоже работала также как сейчас у нас т.е. запрашивает отсканировать код, чек печатает, но без признака маркировки, в электронном чеке тоже самое. А вот после обновления на 2.3.7.19 все заработало как надо.