я тоже столкнулся с подобной проблемой, решил её так:
приказ создаю с отбором "полная инвентаризация", а пересчёт на его основании создаю с отбором по сегментам или товарной группе, тогда пересчёт заполняется корректно с учётом отбора. После пересчёта и его проведения, меняю в приказе отбор на "выборочную инвентаризацию", перепровожу его и оформляю спис. и оприход. Проверял, делал сверки по кол-ву и сумме, заполняет всё правильно.