Что вы хотите пометить на удаление?
Если Строка = Справочники.Номенклатура.Н айтиПоКоду(Строка) Тогда
Здесь вы пытаетесь сравнить текст из файла с ссылкой на элемент справочника. Они никогда не будут равны.
Попробуйте так
Если Справочники.Номенклатура.П устаяСсылка()=Справочники.Н оменклатура.НайтиПоКоду(Ст рока) Тогда
Иначе
ТекОб=Справочники.Номенкла тура.НайтиПоКоду(Строка).По лучтьОбъект();
ТекОб.ПометкаУдаления = Истина;
ТекОб.Записать()
КонецЕсли;