Для начала нужно вам понять что такое сервер приложений...
Ваше желание противоречит самой сущности сервера терминалов.
Но выход есть с помощью политик безопасности ограничить пользователей в роскоши на сервере, используйте сетевые диски (лучше подключать с помощью скриптов). Или на локальных машинах использовать перемещаемый профиль.