была такая проблема на УПП. бился долшо и упорно.для начала, делаешь ли ты переиндексацию табицы? какого объема лог?
У меня решилось так, разобрали RAID, разнесли по дискам (отдельно) систему, лог SQL, базу SQL и tempDB. производительность увеличелась в разы. так же, посмотри в консоли 1с, сколько у тебя процессов (должно быть не менее 4х).