в fat может быть все что угодно, ntfs надежней.
С потерей отдельных файлов на ntfs при выключении питания слетают конфигурационные файли программы ТрафикИнспектор, яркий пример ситуации похожей на вашу,а в целом выключение питания чаще выводит из строя файловые таблицы в целом, с потерей\повреждением файлов сталкивался 1 раз в вышеописанном случае.