У вас используется RAID5, данный массив обычно выбирают для хранилищ данных где можно получить максимум объема и скорость не так важна (бекап, виртуалки).
Что за swap? Для работы windows? - отключить полностью, памяти для работы mssql хватать должно, у вас ведь только базы, компоненты BI(OLAP,Report,IS) неиспользуются.
Базу и файл транзакций(.mdf и .ldf) разнести на разные физические носители (требуется докупка оборудования).

Мобыть система для работы с БД, у Вас продумана неверно?

Какой актуальности требуются данные для работы?

Можно на сервер 1с поставить standby базу, обновлять её каждые полчаса. Настроить чтобы отчёт выбирал только с этой базы, а другие данные с главного сервера.

Посмотреть планы запросов.

Можно сделать на базе BI компоненты такой же отчет как в 1с, чтоб напрямую выбирал - тут однако требуется аналитик, зато работать будет быстро.