Перемычка это аппаратный определитель приоритета загрузки и если его поставить неправильно, то загрузка начнётся с неправильного носителя, на файлы не повлияет, но загрузка лаганёт.
Да, на некоторых не пишут как выставить SLAVE, потому-что предпологается, что будет выставлен master на целевом hdd и cable selest на дополнительном hdd , который будет в свою очередь подцеплен на кабеле в разъём secondary (он же slave).
Ещё вопросы:)